中豆芯一號

中豆芯一號由中國農業科學院作物科學研究所與北京康普森生物技術有限公司合作研發,通過 illumina 平臺定制完成,160K 位點均勻分布,功能位點占比高。

芯片信息:158,959個位點,24樣本/芯片

 

Design concept

設計思路

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Product advantages

產品優勢

與商業化芯片相比,中豆芯一號具有以下優勢:

  •                            

    均勻分布

     平均距離約為6kb,MAF>0.1 的SNP位點占比81.3%
  •                            

    代表性高

     信息來自中國和國際2,533 份代表性大豆核心種質重測序數據和野生大豆泛基因組數據
  •                            

    功能性強

     高比例的SNP 為注釋基因的Large-effect 位點,涵蓋重要基因相關位點、馴化和遺傳改良選擇區間以及野生和栽培大豆種間特有及種內亞群間特有的SNP 位點
  •                            

    實用性好

     基本涵蓋已公布的重要性狀相關標記(已報道的11 種病害及17 種農藝性狀相關位點),突出了脂肪和脂肪酸、異黃酮、蛋白質、油分、株高、百粒重、抗病、耐旱耐澇等重要性狀
  •                             

    支持位點填充

     具有超高密度位點填充率,可在原有位點數基礎上,位點總數擴充近10倍,填充后結果一致性高達87.5%

Characteristic of SNP site

SNP位點特征


中豆芯一號與其它商業化芯片相比,在大豆基因組中均勻分布(圖3A,3C),相鄰SNPs的平均距離約為6kb,其中90.23%的SNPs間距小于10kb。芯片功能位點分布在CDS同義突變、CDS非同義突變、stopgain/loss、splicing、內含子、UTR、intergenic位置,涵蓋主要位點類型,其中40.57%的SNPs來自具有更高信息量和更大影響基因功能潛力的genic regions (圖3 B)。芯片中 MAF>0.1 的SNP位點占比 81.3%。
           


           


           

           


           

Application direction

應用方向

  • 基礎研究 /Fundamental research                    
                       
    遺傳圖譜構建
    QTL定位
    GWAS分析
    群體結構分析
  • 分子育種 /Molecular breeding                    
                       
    品種鑒定
    種質資源保護與評估
    全基因組選擇育種(GS)
  • 產業應用 /Industrial application                    
                       
    優良性質位點檢測
    抗病性狀檢測
    雜交真偽檢測

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